두 필지 토지 합필 후 매각 시 양도세 신고 방법 7가지 완벽 정리 [2025년 최신 세법]

두 필지 토지 합필 후 매각 시 양도세 신고 방법 7가지 완벽 정리 [2025년 최신 세법]

안녕하세요^^ 오늘은 두 필지 토지를 합필한 후 매각할 때 양도세 신고는 어떻게 해야 하는지에 대해 알차게 이야기 해드릴게요^^, 이 글을 끝까지 다 읽으시면 토지 합필 후 양도세 신고와 관련된 핵심 정보와 양도세 절세 꿀팁을 얻으실 수 있으실 거에요!^^

목차

• 토지 합필의 개념과 양도세 신고 기본 원칙
• 두 필지 합필 토지 매각 시 양도세 과세 기준
• 취득시기가 다른 토지 합필 시 양도세 계산법
• 합필 토지 양도세 신고 시 필요한 서류와 절차
• 합필 토지 양도 시 주의해야 할 세금 이슈
• 2025년 개정된 양도세법에 따른 합필 토지 신고 팁
• 자주 묻는 질문 (FAQ)

토지 합필의 개념과 양도세 신고 기본 원칙

토지 합필이란 인접한 두 개 이상의 토지를 하나의 필지로 합치는 것을 말합니다. 이는 토지 이용의 효율성을 높이거나 건축 조건을 맞추기 위해 많이 활용되는 방법인데요. 하지만 합필한 토지를 나중에 매각할 때, 양도소득세 신고 방법에 대해 혼란을 겪는 분들이 많으시더라고요.

사실 양도소득세는 원칙적으로 취득 당시의 상태를 기준으로 계산해야 합니다. 이는 국세기본법 제15조에 근거한 것으로, 세금 부과의 기본 원칙이기도 하죠. 그렇기 때문에 두 필지로 취득했다면, 합필했더라도 양도세 신고 시에는 원칙적으로 두 필지로 나누어 신고해야 합니다.

구분	합필 전	합필 후	양도세 신고 기준
법적 상태	별도의 두 필지	하나의 필지	원칙적으로 취득 당시 상태
과세 단위	각 필지별 계산	통합 필지	각 필지별 안분하여 계산
취득가액	각 필지별 취득가액	통합 취득가액	원래의 각 필지별 취득가액
취득시기	각 필지별 취득시기	합필 시기	원래의 각 필지별 취득시기

국세청의 유권해석에 따르면, 합필 후에도 양도세 신고 시에는 원래 취득했던 상태를 기준으로 하는 것이 원칙입니다. 다만, 합필로 인해 물리적으로 토지 경계가 사라져 정확한 구분이 어려울 경우에는 면적 비율에 따라 안분하여 계산하는 방법을 사용할 수 있습니다.

제가 실무에서 본 사례 중에는 합필 후 양도세 신고를 단일 필지로 신고했다가 세무조사에서 추가 세금을 부과받은 경우도 있었어요. 특히 취득시기가 다른 두 필지를 합필한 경우에는 더욱 주의해야 합니다!

두 필지 합필 토지 매각 시 양도세 과세 기준

두 필지 토지를 합필한 후 매각할 때 양도세 과세 기준은 주로 다음과 같은 요소에 따라 결정됩니다:

1. 취득시기에 따른 구분

두 필지의 취득시기가 다른 경우, 각각의 취득시기를 기준으로 양도소득세를 계산해야 합니다. 이는 장기보유 특별공제 적용이나 세율 적용에 중요한 영향을 미치기 때문이죠.

예를 들어, A 필지는 2010년에 취득하고 B 필지는 2020년에 취득한 후 합필했다면, 2025년에 매각 시 A 필지는 15년 보유로 장기보유 특별공제 최대 30%가 적용되지만, B 필지는 5년 보유로 12%의 공제율이 적용됩니다.

2. 면적 비율에 따른 안분

합필 후 매각 시 발생한 양도차익은 일반적으로 원래 각 필지의 면적 비율에 따라 안분하여 계산합니다. 이는 국세청의 기본 지침이기도 하죠.

계산 예시: 전체 매각대금 10억원, A 필지(취득가 3억원, 면적 비율 60%), B 필지(취득가 2억원, 면적 비율 40%)

A 필지 양도차익 = (10억원 × 60%) - 3억원 = 3억원

B 필지 양도차익 = (10억원 × 40%) - 2억원 = 2억원

3. 취득가액의 확인 및 증빙

각 필지별 정확한 취득가액을 증빙할 수 있는 서류가 매우 중요합니다. 당시 매매계약서, 취득세 납부 영수증, 등기부등본 등을 철저히 보관하고 있어야 정확한 양도세 계산이 가능합니다.

만약 취득가액 증빙이 불충분하면 기준시가를 적용받게 되어 세금 부담이 커질 수 있습니다! 이 점 꼭 명심하셔야 해요.

과세표준 산정 요소	원칙적 적용	증빙 불충분 시 적용	세금 부담 차이
취득가액	실제 취득가액	취득 당시 기준시가	기준시가 적용 시 세금 증가
필요경비	실제 발생 경비	법정 경비율 적용	법정 경비율이 실제보다 낮을 수 있음
자본적 지출	실제 지출액	인정되지 않음	세금 부담 증가
양도비용	실제 양도비용	법정 비용만 인정	세금 부담 증가

취득시기가 다른 토지 합필 시 양도세 계산법

취득시기가 다른 토지를 합필한 경우 양도세 계산은 좀 더 복잡해집니다. 이 부분이 정말 많은 분들이 헷갈려하시는 부분인데요, 자세히 알아보겠습니다.

1. 각 필지별 양도차익 계산

우선 각 필지별로 양도차익을 계산해야 합니다. 양도차익은 '양도가액 - 취득가액 - 필요경비'로 계산되는데요, 합필 후 매각 시 양도가액을 어떻게 안분할지가 핵심입니다.

양도차익 계산식:

각 필지별 양도차익 = (전체 양도가액 × 해당 필지 안분율) - 해당 필지 취득가액 - 해당 필지 필요경비

안분율은 일반적으로 면적 비율을 사용하지만, 각 필지의 가치가 현저히 다른 경우(예: 한 필지는 도로변, 다른 필지는 이면도로)에는 가치 비율을 고려하여 조정할 수 있습니다. 다만 이 경우 객관적인 증빙이 필요합니다.

2. 장기보유 특별공제 차등 적용

취득시기가 다른 경우 장기보유 특별공제율도 각각 다르게 적용됩니다. 2025년 기준 장기보유 특별공제율은 다음과 같습니다:

보유기간	공제율(일반)	공제율(1세대1주택)
3년 이상 4년 미만	6%	12%
4년 이상 5년 미만	8%	16%
5년 이상 6년 미만	10%	20%
6년 이상 7년 미만	12%	24%
7년 이상 8년 미만	14%	28%
8년 이상 9년 미만	16%	32%
9년 이상 10년 미만	18%	36%
10년 이상 11년 미만	20%	40%
11년 이상 12년 미만	22%	42%
12년 이상 13년 미만	24%	44%
13년 이상 14년 미만	26%	46%
14년 이상 15년 미만	28%	48%
15년 이상	30%	50%

오래 보유할수록 공제율이 높아지기 때문에, 취득시기가 오래된 필지가 유리한 경우가 많습니다. 따라서 각 필지별로 정확한 보유 기간을 계산하여 공제율을 적용하는 것이 중요합니다!

3. 세율 적용

양도소득세율은 2025년 기준으로 과세표준에 따라 6%~45%까지 차등 적용됩니다. 각 필지별로 계산된 과세표준을 합산하여 세율을 적용하게 됩니다.

주의사항: 한 필지의 취득기간이 2년 미만이면 단기양도로 간주되어 높은 세율(60% 또는 70%)이 적용될 수 있습니다. 이 경우 해당 필지만 단기양도 세율이 적용됩니다.

4. 계산 사례

다음은 취득시기가 다른 두 필지를 합필 후 매각한 경우의 계산 사례입니다:

사례: A 필지(2010년 취득, 취득가액 1억원, 면적 300㎡), B 필지(2018년 취득, 취득가액 2억원, 면적 200㎡)를 합필한 후 2025년에 8억원에 매각

A 필지 계산:

• 면적 비율: 300㎡ ÷ 500㎡ = 60%
• 안분 양도가액: 8억원 × 60% = 4.8억원
• 양도차익: 4.8억원 - 1억원 = 3.8억원
• 보유기간: 15년 → 장기보유 특별공제 30%
• 과세표준: 3.8억원 × (1-0.3) = 2.66억원

B 필지 계산:

• 면적 비율: 200㎡ ÷ 500㎡ = 40%
• 안분 양도가액: 8억원 × 40% = 3.2억원
• 양도차익: 3.2억원 - 2억원 = 1.2억원
• 보유기간: 7년 → 장기보유 특별공제 14%
• 과세표준: 1.2억원 × (1-0.14) = 1.032억원

합산 과세표준: 2.66억원 + 1.032억원 = 3.692억원

합필 토지 양도세 신고 시 필요한 서류와 절차

합필 토지를 매각한 후 양도세 신고 시에는 일반적인 양도세 신고보다 더 많은 서류와 증빙이 필요합니다. 정확한 신고를 위해 다음 서류들을 준비해야 합니다:

1. 기본 필수 서류

• 양도소득세 과세표준 신고서
• 토지 매매계약서(양도 및 취득 당시)
• 등기부등본(합필 전후)
• 토지대장(합필 전후)
• 취득세 납부 영수증
• 실거래가 신고서
• 신분증 사본

2. 합필 관련 추가 서류

• 토지 합필 신청서 및 승인서
• 합필 전 지적도
• 합필 후 지적도
• 각 필지별 취득 시 매매계약서
• 각 필지별 취득가액 증빙서류
• 필지별 안분계산서

특히 합필 전 각 필지의 명확한 경계와 면적을 확인할 수 있는 지적도는 매우 중요한 증빙 자료입니다! 이 자료가 없으면 세무서에서 면적 비율 안분에 대한 이의를 제기할 수 있어요.

3. 양도세 신고 절차

양도소득세 신고 절차는 다음과 같습니다:

1. 양도일이 속하는 반기의 말일부터 2개월 이내 예정신고 및 납부
2. 다음 해 5월(단, 양도월이 1~6월인 경우 다음해 5월, 7~12월인 경우 다음해 11월) 확정신고 및 납부
3. 세무서 방문 또는 홈택스를 통한 전자신고

2025년 양도소득세 신고 및 납부 기한

• 1~6월 양도 예정신고: 8월 말까지
• 7~12월 양도 예정신고: 다음해 2월 말까지
• 확정신고: 다음해 5월 말 또는 11월 말까지

4. 홈택스 신고 방법

합필 토지의 경우 홈택스에서 신고할 때 다음과 같이 진행합니다:

1. 홈택스 로그인 후 [신고/납부] → [양도소득세] 선택
2. 신고서 작성 시 "부동산 등 자산종류" 항목에서 "토지" 선택
3. "양도자산 내역"에서 "필지수"를 2개 이상으로 입력
4. 각 필지별로 취득일자, 취득금액, 면적 등 개별 정보 입력
5. 매각 정보는 전체 합필 토지에 대한 정보 입력
6. 각 필지별 계산내역 확인 후 신고서 제출

홈택스 시스템은 각 필지별로 입력한 정보를 바탕으로 양도세를 자동 계산해주지만, 복잡한 사례의 경우 세무사의 도움을 받는 것이 안전합니다.

합필 토지 양도 시 주의해야 할 세금 이슈

합필 토지를 양도할 때는 양도소득세 외에도 여러 세금 이슈가 발생할 수 있습니다. 이런 문제들을 미리 알고 대비하면 불필요한 세금 부담을 줄일 수 있습니다.

1. 종합부동산세 관련 이슈

두 필지를 합필함으로써 토지의 가치가 상승하여 종합부동산세 과세 대상이 될 수 있습니다. 2025년 기준 종합부동산세 과세 기준은 개인의 경우 전국 토지의 공시가격 합계액이 12억원을 초과하는 경우입니다.

합필로 인해 토지의 활용도가 높아지면 공시지가가 상승할 수 있고, 이로 인해 종합부동산세 부담이 발생할 수 있으니 주의해야 합니다.

2. 지방세 이슈

합필 과정에서 토지의 지목이 변경되거나 용도가 바뀌는 경우 재산세율이 달라질 수 있습니다. 특히 농지나 임야에서 대지로 지목이 변경되면 재산세율이 상승합니다.

지목	재산세율(2025년 기준)	비고
종합합산토지(대지 등)	0.2%~0.5%(누진세율)	일반적인 대지
별도합산토지(사업용)	0.2%~0.4%(누진세율)	사업용 토지
분리과세토지(농지 등)	0.07%~0.2%	농지, 임야 등

3. 취득시기 관련 이슈

일부 세금 혜택은 취득시기에 따라 적용됩니다. 예를 들어, 양도소득세 비과세 및 감면 혜택이나 1세대 1주택 비과세 규정 등이 해당됩니다.

합필 과정에서 취득시기가 변경되지 않도록 주의해야 합니다! 국세청은 원칙적으로 최초 취득시기를 기준으로 하지만, 합필 과정에서 실질적인 용도나 형태가 크게 변경된 경우 취득시기를 재산정할 가능성도 있습니다.

4. 세무조사 리스크

합필 토지의 양도세 신고는 일반 토지보다 세무조사 대상이 될 가능성이 높습니다. 특히 다음과 같은 경우 세무조사 리스크가 증가합니다:

• 취득가액 증빙이 불충분한 경우
• 합필 전후 가치 증가가 현저한 경우
• 취득시기가 크게 다른 필지들을 합필한 경우
• 면적 비율과 다른 방식으로 양도가액을 안분한 경우

세무조사 대비 팁: 모든 거래 관련 서류와 증빙을 10년 이상 보관하고, 합필 과정의 모든 행정 절차와 비용 지출 내역을 문서화하세요. 세무조사 시 정확한 증빙이 가장 중요한 방어 수단입니다.

2025년 개정된 양도세법에 따른 합필 토지 신고 팁

2025년에는 양도소득세법에 몇 가지 중요한 변경사항이 있었습니다. 이러한 변경사항을 고려한 합필 토지 양도세 신고 팁을 알아보겠습니다.

1. 비사업용 토지 규제 완화 활용하기

2025년부터는 비사업용 토지에 대한 양도세 중과세율이 일부 완화되었습니다. 이전에는 비사업용 토지에 대해 기본세율에 10%p를 추가로 과세했지만, 2025년부터는 5%p로 인하되었습니다.

합필한 토지가 비사업용 토지로 분류되는 경우, 이러한 세율 인하의 혜택을 받을 수 있습니다. 특히 합필 전에는 비사업용이었으나 합필 후 사업용으로 전환된 경우, 이를 명확히 증빙하면 중과세를 피할 수 있습니다.

2. 장기보유특별공제 최적화

2025년부터 장기보유특별공제 제도가 일부 개선되어, 보유기간이 15년 이상인 경우 공제율이 최대 30%(1세대 1주택은 50%)로 유지됩니다.

취득시기가 다른 두 필지를 합필한 경우, 면적이 더 넓은 필지를 오래 보유한 것으로 계획한다면 세금 혜택이 더 커질 수 있습니다. 예를 들어, 두 필지 중 보유기간이 긴 필지의 면적이 더 넓다면 더 많은 공제 혜택을 받을 수 있습니다.

3. 분할 매각 전략 고려

경우에 따라서는 합필 후 다시 분필하여 단계적으로 매각하는 것이 세금 측면에서 유리할 수 있습니다. 특히 한 필지는 장기보유 특별공제율이 높고, 다른 필지는 낮은 경우에 더욱 그렇습니다.

전략적 접근: 합필 토지를 일시에 매각하는 것보다, 보유기간이 긴 필지부터 순차적으로 매각하면 장기보유 특별공제의 혜택을 극대화할 수 있습니다. 단, 분필 비용과 시간도 고려해야 합니다.

4. 필요경비 최대화

양도세 계산 시 취득가액 외에도 다양한 필요경비를 공제받을 수 있습니다. 합필 토지의 경우 다음과 같은 경비들도 필요경비로 인정됩니다:

• 합필 관련 행정 수수료
• 지적측량 비용
• 토지 개량 비용
• 취득세, 등록세 등 취득 시 납부한 세금
• 양도 시 지급한 중개수수료
• 법무사 수수료

이러한 비용들의 증빙을 철저히 보관하고 양도세 신고 시 빠짐없이 필요경비로 산입하여 과세표준을 낮추는 것이 중요합니다!

5. 세무전문가 자문 활용

합필 토지의 양도세 신고는 복잡한 사례가 많기 때문에, 가능하다면 세무사나 세무 전문가의 자문을 받는 것이 좋습니다. 특히 다음과 같은 경우에는 전문가 상담이 필수적입니다:

• 취득시기가 오래되어 취득가액 증빙이 불충분한 경우
• 합필로 인해 토지의 용도나 성격이 크게 변경된 경우
• 비사업용 토지와 사업용 토지가 혼합된 경우
• 다수의 필지를 합필한 복잡한 사례

전문가의 자문을 통해 세무 리스크를 최소화하고, 합법적인 범위 내에서 세금을 최적화할 수 있습니다.

자주 묻는 질문 (FAQ)

Q1: 두 필지 합필 후 양도 시 취득가액은 어떻게 계산하나요?

A1: 원칙적으로 합필 전 각 필지의 원래 취득가액을 그대로 사용합니다. 즉, 각 필지별로 당초 취득 시의 실제 취득가액(또는 취득 당시 기준시가)을 적용하여 계산합니다. 이때 취득 관련 증빙서류가 매우 중요하므로, 매매계약서, 취득세 납부 영수증 등을 잘 보관해야 합니다.

Q2: 합필한 토지의 양도차익을 계산할 때 면적 비율로만 안분해야 하나요?

A2: 일반적으로는 면적 비율로 안분하는 것이 원칙이지만, 각 필지의 가치가 현저히 다른 경우(예: 위치, 지목, 형태 등의 차이로 인한 가치 차이)에는 각 필지의 가치 비율에 따라 안분할 수도 있습니다. 단, 이 경우 가치 차이를 객관적으로 증명할 수 있는 증빙(예: 합필 전 개별 감정평가서)이 필요합니다.

Q3: 합필 절차 중에 발생한 비용도 양도세 계산 시 필요경비로 인정받을 수 있나요?

A3: 네, 합필 과정에서 발생한 행정 수수료, 지적측량 비용, 법무사 비용 등은 자본적 지출로 간주되어 양도소득세 계산 시 필요경비로 인정받을 수 있습니다. 이러한 비용의 영수증과 증빙서류를 반드시 보관해두어야 합니다.

Q4: 한 필지는 3년 전에 취득하고, 다른 필지는 15년 전에 취득한 토지를 합필 후 매각하는 경우, 장기보유 특별공제는 어떻게 적용되나요?

A4: 각 필지별로 개별적으로 보유기간을 계산하여 장기보유 특별공제를 적용합니다. 따라서 3년 보유한 필지에는 6%의 공제율이, 15년 보유한 필지에는 30%의 공제율이 각각 적용됩니다. 합필했다고 해서 보유기간이 평균되거나 하지는 않습니다.

Q5: 합필 후 토지 일부만 매각하는 경우 양도세는 어떻게 계산하나요?

A5: 합필 후 토지 일부만 매각하는 경우에도 원칙적으로 원래의 취득 상태를 기준으로 안분 계산해야 합니다. 이 경우 합필 전 각 필지의 위치와 경계를 정확히 파악할 수 있는 지적도 등의 자료가 필요합니다. 만약 정확한 구분이 어렵다면, 면적 비율로 안분하여 계산할 수도 있습니다.

Q6: 두 필지 중 한 필지는 농지세 감면 대상이었는데, 합필 후에도 이 혜택을 받을 수 있나요?

A6: 합필로 인해 지목이나 용도가 변경된 경우, 기존의 세금 혜택이 유지되지 않을 수 있습니다. 농지세 감면은 농지로 이용되는 경우에만 적용되므로, 합필 후 전체가 농지로 이용되지 않는다면 해당 혜택은 상실될 수 있습니다. 농지 부분에 대해서만 부분적으로 혜택을 주장하려면 명확한 경계 구분과 용도 증빙이 필요합니다.

Q7: 합필 토지를 양도할 때 양도소득세 신고는 반드시 세무사를 통해야 하나요?

A7: 법적으로는 본인이 직접 신고해도 됩니다. 홈택스 시스템을 통해 직접 신고할 수 있습니다. 하지만 합필 토지의 경우 계산이 복잡하고 증빙 자료가 많이 필요하므로, 정확한 신고를 위해 세무사의 도움을 받는 것이 안전합니다. 특히 취득시기가 오래되었거나, 취득가액 증빙이 부족한 경우에는 더욱 그렇습니다.

오늘은 두 필지 토지를 합필한 후 매각 시 양도세 신고 방법에 대해 이야기 해봤는데요, 다음에는 더 중요하고 더 유익한 내용으로 찾아뵙겠습니다. 감사감사!

이 글은 국세청 양도소득세 안내, 세법연구 자료, 법제처 법령정보 및 세무 전문가 자문을 참조하여 작성되었습니다.

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